島内全域２４ヶ所のモニタリングサイトに、それぞれ３基の飛翔性昆虫捕獲器（SLAMトラップ）を設置して、通年で採集を行います。各調査地の昆虫相やその季節変化、さらに年変化を明らかにして、現在の自然環境とその変化を、昆虫を使って解析・追跡します。

島内全域２４ヶ所のモニタリングサイトを使って音声モニタリングを行っています。環境中の音声を記録することで、鳥類を始めとする生物の分布や活動の季節変化を明らかにします。

集められた大量のサンプルの遺伝子を解析する技術を整備します。これにより、沖縄の生物多様性のなりたちを、遺伝子レベルにまで掘り下げてひも解きます。

島内全域２４ヶ所のモニタリングサイトにカメラトラップを設置し、哺乳類を始めとした動物の分布やその活動を記録します。中南部における、自然環境への外来種の影響などを解明するための基礎資料を提供します。

島内全域２４ヶ所のモニタリングサイトに気象観測装置を設置し、調査区内の風速、風向、降水量、気温、湿度、土壌温度、土壌水分、日射などを通年で記録します。これにより、よりきめ細かく調査区内の気象変化を記録し、生物活動の季節変化の解明などに役立てます。

地理情報システムを活用し、沖縄本島内の土地利用や植生の現況を把握します。さらに、過去から現在までの変遷を追跡することにより、陸域環境の時間的変化を明らかにします。また、データを活用したシミュレーションによる環境変化の予測にも役立ちます。